Mit dem Bau der Eisenbahnverbindung Berlin – Kremmen erhält Hennigsdorf ab 1893 eine Bahnstation. Ab 1924 laufen die Dammschüttung zur Hochlegung der Bahn, parallel dazu der zweigleisige Ausbau mit Stromschienen und der Bau neuer Gleisanschlüsse für die Großindustrie. Im Jahr 1927 kann nach Inbetriebnahme des Gleichrichterwerkes (Umspannwerk) an der Hennigsdorfer Krummen Straße der elektrische S-Bahn-Betrieb vom Stettiner Bahnhof nach Velten erfolgen. Südlich des Bahnhofs am Ausgang des mit der Hochlegung geschaffenen Fußgängertunnels entsteht ein zweites, allerdings sehr kleines Bahnhofsgebäude nur für die Fahrkartenausgabe.

Das andere historische Bahnhofsgebäude (jetzt Bibliothek) erbrachte weiterhin alle Leistungen (wie z.B. Gaststätte mit Warteraum, Fahrkartenausgabe, Reisegepäck). Mit dem auch hier gebauten Fußgängertunnel und mit Warenaufzug zum Regionalbahnsteig blieb es sehr gut angebunden. Nach Abschluss aller Arbeiten im Jahr 1927 wurde der Bahnhof Hennigsdorf als wichtiger Bahnhof in die Rangklasse II erhoben. Auch die bisherige Benzol-Straßenbahnlinie 120 von Spandau-West nach Hennigsdorf wird 1929 elektrifiziert und ab 1931 nach der Gleisverlängerung von der Rathenaustraße bis zum Bahnhof weitergeführt. Ab April 1945 musste der Betrieb eingestellt werden.

1960/61 wird dieses moderne Bahnhofsgebäude am Postplatz mit zwei MITROPA-Gaststätten, mit Fahrkartenausgaben und mit einer großen Empfangshalle vor dem südlichen Bahnhofstunnel errichtet.

Der Bahnanschluss in Richtung Tegel wird mit dem Mauerbau am 13.08.1961 eingestellt. Alle Verkehre müssen neu geordnet werden. Nach Wiedereinbindung der S-Bahn von Ostberlin über Pankow und den Berliner Außenring nach Oranienburg kann von Hennigsdorf mit dem Bus nach Hohen Neuendorf gependelt werden und nach Umstieg in die S-Bahn in Richtung Hauptstadtzentrum nach Ostberlin gefahren werden. 1991 gibt die Deutsche Bahn die Nutzung dieses Gebäudes einschl. seiner Gaststätten auf. 1995/96 wird das gesamte Bahnhofsgebäude abgetragen und durch einen gewerblichen Neubau ersetzt, der 1998 in der heutigen Form als buntes „Willkommensbauwerk“ mit vielen Dienstleistungs-angeboten fertiggestellt ist.

Das vor dem Tunnel betriebene Service-Center mit Fahrkartenausgabe wurde von der Deutschen Bahn im Jahr 2018 geschlossen, was nicht alle, aber viele Kunden befremdet.